BL3 연구시설은 신종 인플루엔자 바이러스, 고병원성 조류 인플루엔자 바이러스, SARS, MERS 바이러스 등 제3위험군에 속하는 병원체의 취급 및 유전자 재조합 실험 등을 수행하기 위해 생물안전장비 및 밀폐력을 갖춘 곳이다.

이에 유전자변형생물체의 국가 간 이동 등에 관한 법률 제22조에 의거해 질병관리본부장의 허가를 받아 반드시 설치-운영돼야 하는 연구시설이다.
 
최근 산업화, 환경오염, 기후변화 등으로 신ㆍ변종 감염질환 발생이 늘고있는 상황에서 그 역할이 중요해 지는 것이다.

특히 중국을 중심으로 발생한 H7N9 조류 인플루엔자 바이러스, 중동지역의 중동호흡기증후군 코로나바이러스(MERS-CoV), 서아프리카 지역의 에볼라 바이러스, 그리고 다제내성균 인체감염 등 국가위기형 고병원성 미생물의 출현 빈도가 증가하고 있다.

때문에 국가위기형 고위험병원체에 대한 기초기전 연구, 진단제, 예방백신 및 치료제 개발에 대한 중요성이 부각돼 정부는 전국 41개의 관련 공공기관에 BL3 시설을 이미 완공해 운영 중에 있다.

국내 대학기준으로 고대의료원 BL3 연구시설은 건국대(2008), 서울대(2010), 연세대(2014)에 이어 4번째로 허가를 받았다.
 
앞으로 고대의료원 BL3 연구시설에서는 다양한 인체 위해 병원체에 대한 예방백신, 치료제, 진단제 개발을 위해 관련 정부 연구기관 및 산업체와 공동으로 연구를 수행 할 예정에 있다. 이를 기반으로 임상과 연계된 중개연구도 활발히 수행된다.

또한 제3위험군에 속하는 병원체에 대한 동물실험을 수행할 수 있는 동물이용 생물안전 3등급(Animal Biosafety Level 3, ABL3) 연구시설도 곧 구축에 들어간다.
 
김우경 의무부총장은 "의료원내 BL3 및 ABL3 시설의 구축으로 의료원이 향후 국내뿐 아니 전 세계적으로 감염질환 관련 분야의 교육 및 연구를 선도하는 선두 기지가 될 수 있기를 바란다"며 의료원 직원들의 적극적인 협조를 당부했다.