헌재는 이 내용이 담긴 법률 제47조 제2항의 심판대상조항에 대한 헌법 위반에 대해 법률유보원칙이나 포괄위임입법금지원칙에 위배되지 않는다는 관여재판관 전원의 일치된 의견으로 기각했다.

헌재는 대불비용 부담금은 의료분쟁조정제도 시행 초기에 제도를 운영할 수 있을 만큼 재원을 적립하는 것에 우선적인 목표가 있고, 이후에 추가로 징수할 비용은 결손을 보충하는 정도에 불과해 보건의료기관개설자들에 대해 대불비용 부담금을 시행 초기와 같은 정도의 금액으로 '정기적·장기적으로' 징수할 가능성이 없다고 밝혔다.

또한 손해배상금 대불제도 운영 이전 단계에서 대불에 필요한 적립금이 어느 정도 수준으로 유지되어야 하는지를 미리 확정하기 어려운 점 등을 고려하면, 보건의료기관개설자들이 구체적으로 부담할 금액 혹은 부담액의 상한이 법률에서 정해야 할 정도로 본질적인 사항이라고 보기 어렵다고 판단했다.

더군다나 대불비용 부담금에 관련된 기본권 제한의 본질적인 사항에 관해서는 법률에서 이를 규율하고 있으므로, 구체적인 부담액을 대통령령에 위임한 심판대상조항이 법률유보원칙에 위배되지 않는다고 지적했다.

포괄위임입법금지원칙 위배 여부에 대해서도 개별 보건의료기관개설자들의 부담액이나 납부의 절차 등에 관련된 기술적이고 세부적인 사항은 전문적 판단이 필요하고 수시로 변화하는 상황에 대응해야 할 필요가 있어 하위법령에 위임할 필요가 있는 영역이라는 입장이다. 

또한 손해배상금 대불제도는 제도 운영 이전인 입법단계에서 예측하기 어렵고, 실제로 운영하는 과정을 통해 추산할 수밖에 없다고 밝혔다.

헌재는 "금액 산정의 기준 역시 의료사고로 인한 보건의료기관개설자들의 손해배상책임 발생 현황 등의 통계에 대한 분석과 의료행위별 위험성, 보건의료기관별 지급곤란 요소 등에 관한 전문적인 판단이 필요하다면서 금액의 상한이나 금액 산정의 기준도 상황의 변동에 따라 시의 적절하게 탄력적으로 대응할 수 있도록 하위 법령에 위임할 필요성이 인정된다"고 강조했다.

이에 따라 헌재는 이 사건 법률조항은 위임의 필요성과 예측가능성이 모두 인정되므로 포괄위임입법금지원칙에 위배되지 않는다는 결정선고를 했다.