의협은 이 개정안은 정부로 하여금 협동조합의 경영에 대해 전문적인 자문을 하고 조합원 및 전문인력에 대한 교육훈련 실시 및 필요한 세제 지원을 할 수 있도록 함으로써 협동조합이 안정적으로 운영되도록 지원하겠다는 것으로 입법취지에 대해서는 긍정적으로 판단하고 있지만 일부 의료생활협동조합 의료기관의 경우 불법행위 등으로 사회적 문제를 야기하고 있어 대책 마련 없이 법을 개정하는 것은 자칫 불법행위를 조장할 수 있다"며 반대 이유를 설명했다.
또 "영리를 목적으로 불법적으로 운영되고 있는 의료생협에 대한 방지책 없이 세제 지원 등 특례 규정을 신설할 경우 오히려 불법적인 의료생협을 국가가 지원하는 모순된 상황이 발생할 수 있으며 대다수의 선량한 의료기관들에게는 막대한 피해를 줄 뿐만 아니라 건전한 의료시장질서가 더욱 문란하게 될 것"이라고 지적했다.
따라서 영리를 목적으로 한 탈법적인 협동조합 등 사회적으로 위해를 끼치는 기관을 퇴출시키고 확산을 막을 수 있도록 지속적으로 관리·감독할 수 있는 방안을 우선적으로 마련하고 협동조합 등에 대한 지원책을 논의하는 것이 건전한 협동조합 활성화와 조합원의 공동노력으로 권익을 추구하겠다는 '협동조합' 제도 도입 취지에도 부합한다고 말했다.