건협은 "국민건강보험공단에서 발행하는 건강검진 실시 안내서에는 일반검진 및 암검진의 실시 기간은 시작 시기는 명시돼 있지 않고 종료시기(2012년 12월 31일)만 명시하고 있으며 건강검진표를 지참하지 않더라도 검진기관에서 공단 홈페이지에 조회 후 검진이 가능하다고 명시하고 있음은 물론 국민건강보험공단은 건강검진대상자나 검진기관의 편익을 증진하기 위해 2011년 말경에 건강검진대상자를 미리 조회할 수 있도록 홈페이지를 개편, 올 1월 2일부터 검진대상자 조회가 가능하도록 지원하고 있다"고 밝혔다.
또 "검진대상자 안내는 과거 협회 방문한 내원자를 대상으로 본인의 동의하에 안내문을 발송하고 있으며 연말의 복잡한 시기를 피해 연초에 편안한 검진을 제공하기 위해 의협의 의료광고심의위원회 심의를 득 한 후 안내문을 발송하고 있다"고 해명했다.
특히 기본검진 외 검사를 마치 무료인 것처럼 홍보해 건보재정에 손실을 입히고 환자를 속여 부당이득을 취하고 있다는 주장에 대해서는 "수검자들은 본인이 어떤 검사를 받는지 궁금해 하고 항목에 대한 설명을 요구하고 있으며 설명 과정에서 본인의 신체증상, 생활습관, 가족력등을 고려해 본인이 원하는 경우 공단검진과 병행, 추가검사를 자비로 희망하는 경우가 있다"고 말하고 "본인이 추가검사를 신청한 경우에 추가비용은 보험급여가 적용 되지 않기 때문에 본인이 전액 부담하여야 한다는 사실을 고지하고 있으며 이를 검진대상자가 전액 부담하고 있으므로 공단에서는 비용을 부담하지 않는다"고 했다.
따라서 추가검진에 해당하는 검진 비용을 국민건강보험공단에 청구한 사실도 없으며 건강보험 재정에 손실을 입힌 사실도 없다고 주장했다.
검사 안내문 용지가 공단에서 발송한 안내문과 비슷해 환자들이 혼동하는 경우가 많다며 이 용지를 수정해 환자들의 권익을 보호해야 한다는 주장에 대해서는 "건협 소속 의원에서 사용하고 있는 안내문은 의협의 의료광고심의위원회 심의를 받은 적법한 안내문으로 공단에서 발송한 안내문과 비슷해 환자들이 혼동한다는 주장에 대해 공단 안내문은 10여장에 이르지만 건협 소속 의원의 안내문은 1장에 불과 하는 등 건협 소속 의원에서 사용하고 있는 안내문과 공단이 발송하는 안내문과는 내용이나 두께 등에 있어 전혀 다르다"고 반박했다.
대장암 검사결과 대변 잠혈이 음성으로 나와도 양성으로 바꿔 2차 대장암 검사를 시행하고 있다는 주장과 관련해서는 "이같은 행위는 엄연한 불법 행위로서 혹 다른 병·의원 및 단체에서 이같은 사실이 발생 할 시에는 건협 차원에서도 엄중 대처 및 고발 사안이며 건협은 이같은 사례가 전혀 없다"고 강조했다.
건협은 이러한 근거 없는 허위 주장에 대해 의료계의 한 구성원으로서 심히 유감을 금치 못하며 확인된 사실이 아닌 허위사실 유포 및 이로인해 협회 이미지 손상 등 피해에 대해서는 법적 대응도 고려하겠다고 밝혔다.