의협은 "노연홍 식약청장이 청와대 고용복지수석에 내정됨에 따라 차기 식약청장에 대한 하마평이 무성한 가운데 몇몇 약학대학 교수들이 신임 식약청장 후보로 거론되고 있다고 보도됐다"며 "식품 및 의약품 행정을 주관하고 있는 식약청은 단순히 식품과 의약품 관리 차원이 아니라 국민의 건강과 생명을 보호해야 하는 중차대한 사회적 책무를 갖고 있는 기관으로 수장은 국민건강과 보건의료에 대한 깊이 있고 해박한 전문성을 지녀야 하는 것은 물론이고 특정 분야에 치우치거나 이해관계가 얽히지 않은 공정하고 중립적 태도를 견지하며 공익에 헌신할 인물이어야 한다"고 강조했다.
특히 "식약청의 설립목적이 식품과 의약품의 안전을 담보로 국민 건강과 생명에 중점을 두고 있는 만큼 의사의 역할이 매우 중요하다"며 식약청에 의사가 배제되는 경향에 대해 우려를 표명했다.
또 "미국 FDA는 2000년도 초 자료에 따르면 직원 9522명 가운데 의사가 470명으로 전체 직원의 약 5%에 달한 반면 우리나라 식약청은 2007년 기준으로 전체 직원 1443명 중 의사가 불과 3명 내외로 전체 직원의 0.2%에 불과하고 식약청장은 의사가 임명된 적이 단 한 번도 없었다"고 비판했다.