의협은 "중증응급환자는 응급실과 각 진료과가 유기적인 소통과 협력 시스템을 구축해 자체적으로 판단해야 할 사안임에도 1339에서 응급 환자의 긴급 수술 등에 대해 단독으로 의사 결정을 하는 것이 불가능한 해당 당직 의사에게 직접 연락을 취해 수술 가능 여부를 묻는 것은 문제"라고 지적하고 게이트 키퍼 역할을 해야 하는 응급의학과의 기능을 간과하고 있다"고 했다.
또 "응급 질환에 대한 진료 준비 여부를 공개하고 점검하는 것은 응급의료기관으로 하여금 암묵적으로 전 응급 질환에 대한 진료 준비를 강요하고 상호 경쟁을 초래하는 것으로 실제 진료 능력을 초과하는 진료 가능으로 정보를 입력한다면 이는 결국 국민 건강에 큰 위해 요소가 될 것"이라고 경고했다.
이에 대해 복지부 응급의학과는 "향후 제도 정착 시점에서는 응급실 전문의, 응급 코디네이터 등 게이트 키퍼 수행자를 통한 연락 체계를 지향할 예정"이라고 말하고 이 제도의 정상화를 위해 의료계의 발전적인 의견 개진을 요청했다.
이에 따라 의협과 복지부는 응급의료정보 시스템의 운영상의 개선 방안을 모색하기 위해 각 전문학회의 의견 수렴을 거쳐 9월 중 재면담을 갖기로 했다.