의협은 "선택의원제를 반대하는 이유는 국민의 관점에서 볼 때 이 제도가 국민건강에 치명적인 위협이 될 수 있기 때문"이라며, "환자의 의료기관 선택권이 제한돼 상당한 불편이 초래되며 진료선택 범위의 제한으로 진료받을 기회 자체가 박탈될 수 있다"고 지적했다.
또 "포괄적이며 획일화된 진료에 초점을 둠으로써 의료서비스 수준이 저하되고 환자의 질환을 오히려 키우는 결과를 가져와 대형병원 쏠림현상을 부추기는 역효과가 발생하게 됨은 물론 의료비 억제 정책으로 국민의 건강권이 뿌리째 흔들릴 수 있다"고 경고했다.
특히 "의료계의 관점에서는 신규 개원 회원의 진입 장벽 문제, 추가 재원 미확보 등 현행 건강보험재정 내에서의 부문 간 조정, 전문과목 간 등록환자 편차 심화로 의료기관 간 부익부 빈익빈 현상 가속화, 전문과목 간 첨예한 갈등 심화, 현행 전문의제도 붕괴 등의 문제를 야기할 수 있으며 결국 주치의제도나 총액계약제로 가는 포석으로 작용할 수 있다는 우려가 크다"고 말했다.
따라서 "정부는 의료계를 동반자적 관계로 여기고 긴밀한 협조 하에 추진해나갈 방안을 적극 모색하는 것이 올바른 자세임을 인지해야 하며 보건복지부가 정책적 의지를 갖고 추진하고 있는 의료기관 기능 재정립 및 의료전달체계가 확립되기 위해서는 1차의료 활성화 관련한 예산 규모 제시 등 진정성 있는 1차의료기관 살리기 대책 마련과 의료기관 기능 재정립 세부과제 조기 시행을 병행한 의료전달체계 개선의지를 보여줘야 한다"고 강조했다.