분자의학을 기반으로 하는 치료 프로토콜들은 어떤 환자들이 당해 치료에 가장 큰 치료 효과를 보일 것 같은지에 대한 정보를 기반으로 한다. 따라서 분자의학 분야가 진보할수록 치료 가능성에 대해 설명하기도, 환자가 이해하기도 쉬워진다.
게다가 암 등과 같이 치명적 질환에 사용되는 치료제들의 경우, 상당수의 분자의학 치료제들은 항암화학치료 등 전통적인 항암치료가 가지는 혹독한 부작용들을 가져오지 않을 것이란 점도 큰 장점으로 작용하게 될 것이다.
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