지난 97년 경험이 부족한 상태에서 이 제도가 국내 처음 시도됨으로써 방법론적인 측면에서나 진행과정에서 어려움을 겪는 등 항목별 균형문제를 드러냄으로써 의료행위의왜곡을 초래할 소지가 있을 뿐만 아니라 지난 5년간의 의료기술 발전이 반영돼 있지 않다는 것이 문제이다.
이들은 현상태의 상대가치 기준은 미완성이라고 평가하고 있다.
또 진찰료와 입원료는기존의 수가를 환산지수로 나누어 역산한 것일뿐 전혀 검증되지 않은 상태이며 검증절차를 거친 항목일지라도 의과와 치과에 한정돼 한방이나 약국의 상대가치는 근거가 없는 상태이다.
"미결정의료행위"에 대한 상대가치의 부여도 문제다.
새로운 공식적인 검토가 없으면서도 의료기관들이 실제로 행하고 있는 행위이기 때문이다.
따라서 상대가치의 적정성 확보를 위해서는 균형 확립을 위한 기본원칙을 정하는 등 근본적인 문제부터 해결해야 할 것이라고 제의하고 있다.
그러나 이에 관해 의료계의 전문분야간 이견조율이 어려운점을 감안, 의료계 외의 원가산정 전문가를 중심으로 상대가치를 정하는 별도의 팀을 구성하되 의료계 해당분야 전문가들이 자료 및 의견을 제시하도록 하는 방식이 효율적이라는 것이다.
또 단기적으로는 미결정의료행위에 대한 상대가치의 설정을 조기에 완료, 비보험을 정비하고 2003년 수가조정을 위한 자료조사시 반영해야 하며 장기적으로는 정기적으로 상대가치를 점검 및 조정하는 과정을 제도화해야 한다고 제안하고 있다.
2001년도에는 외과의 상대가치만을 대상으로 의사협회가 주관, 전문과별 상대가치조정을 시도했지만 실패한 점을 상기시키고 있다.
환산지수 산출에 있어서 가장 큰 문제는 적정수가 책정에 활용할 자료의 획득가능성과신뢰성, 그리고 대표성이다.
의료기관의 비용, 수입 및 상대가치에 의한 의료행위별 빈도 등 객관적으로 검증된 기본자료를 제시할 수 있는 의료기관이 얼마나 될지는 현실적인 문제이다.
특히 결과의 신뢰성 제고를 위해 표본을 추출할 경우 의원급 의료기관의 자료는 획득 가능성과 신뢰성 측면에서 한계가 있다.
전문진료과별로 표본기관을 선정할 경우 자료처리결과의 반영에 문제가 적지 않으며 의원급의료기관 의사의 적정수입 기준도 문제이다.
현재 거론중인 의료수가는 의료기관의 활동 중 의료행위에 국한된 것으로서 의료행위 이외의 활동비용을 반영해야 함에도 재료비나 병실료 차액, 급식수입 등에는 반영되지않고있다는 문제점이 있다는 점, 현행 가산율은 그간 검증받은 바 없이 수가인상의방편으로 활용함으로써 논리적인 근거가 희박하다는 점 등이 문제로 지적되고 있다.
따라서 전문가들은 수가산정을 위한 자료 획득 가능성 및 자료의 신뢰성 확보가 없이는 수가수준의 적정성 확보는 불가능하다는 점을 강조하며, 정부는 병원회계준칙 등 의료기관의 투명성을 확보할 수 있는 기준을 마련하고 의료계는 이를 성실히 적용하되 재무제표작성의 의무가 있는 의료기관부터 수가산정에 필요한 자료의 생성 및 제시에 적극성을 보여야 환산지수의 적정성확보는 이루어질 수 있다고 주장하고 있다.
의원급의료기관은 표준의원제의 도입도 고려돼야 할 부분으로 손꼽고 있다.
의료기관 종별 가산요율 적용문제는 우선 가산율을 적용하지 않은 상태에서 종별 원가차이를 비교한 후 그 차이가 없다면 가산율의 직접적인 적용은 재고돼야한다는 점과 경영수지율이 타산업 또는 절대적인 수준에서 상위라면 이를 고려해야 한다고 문제해결의 방법을 제안하고 있다.