대한의사협회는 "대한의학회로의 업무이관은 전문의 자격시험 관리시스템의 붕괴를 초래하고 형평성 위반 등 심각한 문제에 직면하게 되어 우려된다"면서 "민간자율로 전문의 제도를 운영하는 다수 선진국과 달리 국가주도로 전문의 자격을 발급하고 관리하는 우리나라 상황에서는 의협이 위탁기관이 되어 운영하는 것이 지극히 상식적이며 중요한 의미를 갖는다"고 강조했다.

전문의 자격시험 업무는 현재 대한의학회에서 실무를 담당하고 대한의사협회가 총괄적으로 관리감독을 하고 있다. 

또 고시위원회 위원장은 의협 산하 대한의학회 회장이 맡고, 부위원장은 의협 학술담당 부회장, 고시실행위원회 위원장은 고시위원회 부위원장, 고시실행위원회 부위원장은 의협 학술이사와 의학회 고시이사가 각각 맡고 있다.

의협은 "전문의 자격시험 업무는 이미 의학회를 중심으로 구성되어 있기 때문에 대한의학회로 이관한다 할지라도 위탁기관명만 변경될 뿐 전문의자격시험 운영 조직 및 방식은 현행과 결코 달라질 수 없다"며, "오히려 관리감독 시스템을 해체하는 결과만을 초래할 것"이라고 지적했다.

덧붙여 2011년도 전문의자격시험 문제 유출 사건이 배경이면, 당시 의학회가 중심이 된 고시위원회와 고시실행위원회에서 전문의자격시험과 관련된 모든 결정과 실행을 했기 때문에 결과적으로는 문제가 된 기관을 다시 위탁기관으로 지정하는 것이라고 강조했다.

특히 대한치과의사협회, 대한한의사협회 등은 전문의시험 업무를 하고 있는 상황에서 의과의 경우만 의학회로 이관하는 것은 타 유관단체와의 형평성에 있어서 문제가 된다고 밝혔다.

의협은 '위탁기관 변경'을 절대 수용할 수 없으며, 대한의사협회·대한의학회·보건복지부가 협의를 통해 원점에서부터의 재논의가 필요하다고 주장했다.