정부가 사내 부속의료기관 세제혜택 정책을 추진한다고 발표하자 의료계가 즉각 반발하고 나섰다. 

지난 24일 기획재정부가 대통령 주재 경제관계 장관회의에서 '2014년 하반기 경제운용정책방향'을 통해 근로자복지시설 투자세액공제 대상에 사내 부속의료기관을 추가한다고 발표했다. 

현행 세법상 사업자가 종업원 복지 증진을 위해 무주택 종업원 임대주택, 기숙사, 휴게실, 체력단련실 등을 신축하거나 구입할 때 취득금액의 7%를 세액 공제해 주는 혜택을 부속 의료기관에도 확대하겠다는 것이다.

대한의원협회는 사내 부속의료기관은 환자 본인부담금을 회사가 대신 지불함으로써 환자 유인 행위가 공공연히 이뤄지고 있음에도 보건소 등의 관리감독이 제대로 이뤄지지 않고 있다고 지적했다.

의원협회는 "사내 부속의료기관 주변의 의원급 의료기관은 실질적인 경영 압박을 받는 등 의료질서를 혼란하게 했던 것이 사실이다. 무엇보다 근로자 복지 차원의 의료혜택을 굳이 건강보험재정이라는 공보험으로 해야 할 이유가 없다는 문제제기도 있었다"며 "정부가 세제혜택이라는 특혜를 줌으로써 의원급 의료기관과의 불공정한 경쟁을 더욱 가속화시켜 일차의료의 황폐화를 유도하고 있다"고 비판했다.

또 "정부가 일차의료활성화는 외면한 채 오히려 사내 부속의료기관의 세제혜택을 통해 주변 지역 의원급 의료기관의 몰락을 더욱 부채질하고 있다"고 밝혔다.

의원협회는 정부가 의원급 의료기관에 대해 차별을 하고 있다는 입장을 내놓기도 했다. 지난 2002년 이후 의원급 의료기관에 대한 세제혜택 중단, 연매출 5억 이상 시 강제로 적용되는 성실신고제, 그리고 미용성형 부가세 강제 적용으로 원가의 70%에도 미치지 못하는 저수가에 신음하는 의원급 의료기관에 소위 고소득 전문직이라는 사회적 낙인을 찍어 가혹한 납세의무를 지우고 있다는 주장이다.

의원협회는 "일차의료를 담당하는 사내 부속의료기관에게만 세제혜택을 주고 활성화하겠다는 것은 명백히 의원급 의료기관에 대한 차별이며, 위헌적 소지가 다분하다"며 "일차의료활성화를 위해 의료전달체계를 확립하고 의원급 의료기관에 불평등하게 적용되는 세제를 개혁해야 한다"고 말했다.

특히 "2002년부터 12년간 중단돼 온 의원급 의료기관에 대한 세제혜택을 부활시키는 것은 물론, 납세성실신고 한도를 상향시키고 부가세 강제적용 등을 폐지해 타 업종에 대한 상대적 불평등을 해소해야 한다"고 강조했다.