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보건복지부가 경제자유구역내에 외국의료기관의 설립을 허가하는 내용의 입법예고를 한 바 있어 영리의료법인의 현실화 가능성도 있지만 현행 법상으로는 의료기관을 영리법인의 형태로 운영할 수는 없다.그러므로 현재 의료기관은 모두 비영리법인에 해당하는 것이다.
그렇다면 비영리법인은 과연 법인세법상 어떻게 취급되고 있고 어떤 의무를 규정하고 있을까?
일반영리법인의 경우 법인에 귀속되는 모든 소득을 법인세 신고대상으로 포괄적으로 규정하고 있으나 비영리법인의 경우 법인세법 제3조의 규정에 따라 비영리법인 귀속소득중 수익사업에 해당하는 것만 법인세신고의무가 있다고 규정하고 있다.
따라서 비영리법인인 의료기관의 경우 동조의 규정에 따라 △의료업과 기타의 수익사업에서 발생하는 소득 △수익사업관련 자산, 채권, 채무에서 발생하는 부수수익 △이자, 배당수익 △의료법인의 고유목적사업에 직접사용한 자산의 처분수입등에 대한 소득에 대해만 법인세신고의무가 있는 것이다.
이로인해 수익인지 수익이 아닌지가 불명확해지는 사항들도 많이 생기게 되는데 예를 들어 의료법인이 기부자로부터 의료시설용 부동산을 기부받은 경우 의료법인입장에서 수익에 해당하지와 관련해 법인세법 예규는 "의료법인이 업무와 관계없이 타인으로부터 무상으로 받은 자산의 가액은 비수익사업에 속하는 것이기 때문에 과세소득에서 제외된다"라고 보고 있다. 따라서 기본적으로는 고유의 업무수행과 직접적으로 관련이 있느냐에 따라 판단하는 것으로 하되, 구분이 어려운 경우에는 국세청에 질의하고 회신받아 처리하는 것이 현명할 것으로 판단된다.
한편, 의료법인이 병원건물 및 부속토지, 의료기기, 보건의료정보의 관리를 위한 정보시스템설비들을 취득하기 위해 지출하는 금액은 법인의 선택에 따라 고유목적준비금이라고 하는 계정으로 경리할 수 있으며 이 경우 지출하는 금액은 의료발전회계로 구분경리해야 한다. 이러한 제도는 의료기관의 공익적 역할을 감안한 일종의 과세이연제도로 취득당시에 취득가액을 전액 비용처리해 취득시 조세의 부담을 감소시켜주었다가 향후 자산 감가상각시 감가상각비만큼을 비용으로 인정하지 않음으로써 조세부담을 취득후 수익이 창출되는 사업연도에 순차적이고 분할된 금액으로 이연시켜주는 제도이다. 의료기관이 반드시 이제도를 선택해야 하는 것은 아니고 자산을 취득한 후 정상적인 감가상각을 통해 비용처리를 할 것인가는 순전히 의료기관의 선택이다.
의료기관이 기부금을 수령했다면 기부금 영수증을 교부하고 기부금의 수령내역을 기부받은 법인별로 작성보관해야 한다.
기부금영수증을 사실과 다르게 발급한 경우에는 사실과 다르게 발급된 금액의 2%를, 기부법인별 발급내역을 작성하지 아니하거나 보관하지 아니한 경우에는 해당금액의 0.2%를 가산세로 징수하며, 의료기관이 소득을 지급하는 경우에는 각종 지급명세서를 작성해 제출할 의무가 있고 해당 지급명세서를 기한 내에 제출하지 안했거나 제출된 명세서가 불분명한 경우에는 제출하지 아니한 지급금액 또는 불분명한 지급금액의 2%에 상당하는 금액을 가산세로 징수한다. (Tel. 02-523-3770)
메디칼라이터부
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