한국조세연구원 손원익 박사팀은 최근 병원협회 용역의뢰로 시행한 `병원관련 조세정책의
현황과 정책방향` 연구보고서에서 `우리나라 비영리법인은 설립근거 및 소관부처에 따라 세제
상의 취급이 달라지며 의료분야의 경우 더욱 차이가 있다"며, 이는 러한 세제상의 차이는 의료
법인의 설립근거 및 소관부처에 의할 것이 아니라 외국의 사례와 같이 의료법인 자체의 공익
성 및 비영리성의 여하에 따라 차등이 존재하도록 하는 것이 형평성 측면에서 바람직하다고
주장했다.
 또한 "의료업은 노동집약적인 특성을 갖는 사업으로서 일반 업종과 같이 상시 근로자수 기
준을 적용할 경우 중소기업에 적용되는 세제상 혜택을 받는데 불리하다"고 지적하고 "의료업
의 특성을 반영한 중소기업 해당 기준을 마련하여 중소기업 지원제도의 실효성을 높일 수 있
어야 한다고 지적했다.
 전공의 수련비용에 대해서는 "조특법상 과세특례를 허용하고 있는 근로자에 대한 기술훈련
비용과 성격이 유사하나 조문에 규정이 없어 사실상 세제혜택을 받지 못하는 현실"이라며 장
기적으로는 외국의 사례처럼 국가에서 수련비용을 지원하는 것이 바람직하다고 덧붙였다.
 손박사팀은 병원관련 세제의 정책방향으로 설립근거 및 소관부처에 따른 세제상 차별의 개
선, 의료업의 중소기업으로의 분류, 중소기업특별세액감면제도의 개선, 전공의 수련비용에 대
한 지원, 관세경감 등이 추진되어야 한다는 의견을 제시하고 의료시장 개방에 대비해 의료기
관을 `출자가 인정되는`·`의료전문법인 형태`·`경제특구 내의`·`주식회사 형태`의 영리병원 등으
로 구분, 과세방안을 마련할 필요가 있다고 밝혔다.
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