대한의사협회는 전문의자격시험 문제유출 사건으로 감사원 및 보건복지부에서 전문의자격시험 업무 전반에 관한 감사를 벌이고 그 결과 문제유출의 경로가 파악되는 등 보안상 문제점이 노출, 실질적인 보안강화를 요구해 전문의자격시험의 문제은행정리, 선택, 인쇄작업 등 전반적인 업무가 철저한 보안속에서 원활하게 이뤄지게 하는 등 시험문제 유출을 사전에 방지, 대외적으로 실추된 시험의 공정성 및 신뢰성을 제고하기 위해 보안 시스템을 크게 강화했다.
의협은 우선 문제선택작업, 문제인쇄작업에 대한 외부와의 완전 격리를 추진하는 등 보안업체를 고용해 보안 시스템을 구축하기로 했다.
문제선택장 보안으로는 선택위원 소지품 통제, 보안구역 순찰, CCTV 설치 등을 하기로 했다.
내과 등 26개과 350여명의 출제 위원에 대한 입소일 보안과 관련해서는 보안의 전 과정을 보안업체에서 담당하도록 하고 1차 검색(자진 반납), 2차 검색(금속탐지기 이용), 3차 검색(가방 검색)을 두기로 했다. 여성 위원을 위한 여성 경호원도 배치하기로 했다.
주야간 보안을 위해서는 보안데스트 설치 및 주야간 순찰조를 배치하고 객실보안은 외부로 나갈 수 없도록 창문을 봉인하기로 했다.
통신보안을 위해서는 모든 통신기기를 수거하고 고시본부에만 전화기(외부통화 가능) 설치하는 것은 물론 보안요원을 배치해 모든 통화내용 녹취와 전화사용 대장을 작성하도록 했다.