가톨릭중앙의료원은 과학기술부 주관 국가지정연구실사업(NRL)에 시과학교실(1999년), 피부면역학연구실(2001년), 방사선의공학교실(2001년)이 선정됐는가 하면 올해에는 류마티스 연구센터가 과학기술부 신규 우수연구센터(SRC)로 지정됐다.
또 2000년에는 보건복지부 주관 보건의료 유전체 연구개발사업에 뇌신경계유전자연구센터가 선정되기도 했다.
국가지정연구실사업에 선정된 3개 연구실 중 시과학교실은 의과대학 안과학교실 주천기 교수가 연구책임자로 "백내장 기전연구를 통한 후발성 백내장의 억제기술"을, 피부면역학연구실은 피부과학교실 김태윤 교수가 책임자로 "건선의 면역학적 분자생물학적기전연구를 통한 신치료기술 개발"을, 방사선의공학교실은 의공학교실 서태석 교수가 연구책임자로 "인체내 방사선 정량화 및 영상화 기술" 등의 연구과제를 수행 중인데 이들 연구실은 정부로부터 5년간 각각 총 연구비 13~15억원을 지원 받는다.
보건복지부로부터 10년에 걸쳐 총 52억원의 지원을 받는 뇌신경계유전자연구센터는 약리학교실 이권행 교수가 총괄 책임을 맡아 "한국인 호발성 뇌신경계 질환의 유전체 연구"과제를 진행하고 있다.
특히 올해 6억원의 정부지원금을 포함 9년에 걸쳐 총규모 100억원의 정부연구비를 지원 받게 되는 류마티스 연구센터는 내과학교실 김호연 교수가 총괄 책임자로 "류마티스 분야의 기초 및 임상 의과학이 잘 접목된 새로운 생명과학연구"라는 연구과제를 수행하게 된다.