병원급이상 의료기관에 대한 2001년도 귀속 소득세 부담이 줄어드는 대신 일부 의원급의료기관들의 부담이 늘어나게 됐다.

국세청은 올부터 기준경비율제도를 도입함에 따라 경기변화로 수요가 감소하거나 소득률이 하락한 업종에 대해서는 소득세율을 인하하고 미용 및 건강에 대한 사회적 관심증가로 호황임에도 수입금액 현실화가 미흡한 미용관련업종 및 일부 의료업종에 대해서는 세율을 인상하기로 했다.

이에 따라 경기변화로 수요가 줄거나 소득률이 하락한 업종으로 분류된 종합병원, 일반병원, 요양병원은 현행세율 22.9%가 21.7%로 5% 내린다. 그러나 인상대상 의료업종으로 분류된 피부과 및 비뇨기과(28.8→30.2), 안과(29.1→30.5), 방사선과(27.6→28.9), 성형외과(54.6→57.3)등 의원급의료기관과 치과병원(33.1%→34.7%), 치과의원(34.8→36.5), 한의원(37.5→39.3)등은 모두 5%씩 인상됐다
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