행정자치부의 난색에도 불구하고 복지부가 질병관리본부의 설치를 대통령에게 건의해 주목된다.
김화중 복지부장관은 지난 11일 국무회의에서 전염병환자의 대량발생에 대비, 현행 국립보건원을 미국의 질병관리센터(CDC)와 국립보건원(NIH)을 통합한 형태인 질병관리본부로 조속히 확대 개편, 사스나 콜레라, 세균성이질 등 61종의 주요전염병을 상시관리할 수 있도록 하고 신종전염병에도 효과적으로 대처할 수 있도록 해야 한다고 건의했다.

또 대량환자 발생시 공공의료기관의 의사, 간호사 등 의료인력동원체계 확립을 위해 현재의 공공의료수준을 30%로 단계적으로 확충할 수 있도록 관련부처의 적극적인 협조를 요청했다.
김장관은 이번 사스사태의 확산방지는 발생초기 신속 정확한 보고 및 감시체계가 가동되고 의심 및 추정환자에 대한 신속, 철저한 격리조치, 총리실 중심의 범정부적 대응체계 구축, 그리고 민간 및 유관부처간 신속한 업무협조등으로 이뤄진 것이라고 보고했다.
그러나 조직·시설·인력·장비 부족과 전문적인 연구 및 역학조사능력의 한계등 대량 전염병 환자 발생에 대비한 총체적인 관리시스템이 부족하다고 밝혔다.

특히 비상사태 발생시 동원 가능한 공공 의료기관이 전체의료의 10%수준에 불과하고 신종전염병 대량발생시 인근주민들의 반발로 전담병원운영 곤란 등이 미비점이라고 지적했다.
복지부는 이에 앞선 7일의 차관회의에서도 이같은 현황보고와 건의를 했다.
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