제3기 위원은 대한의사협회 2명, 대한약사회 3명, 대한병원협회 1명, 한국병원약사회 1명, 한국보건경제정책학회 1명, 한국보건의료기술평가학회 1명, 한국보건정보통계학회 1명, 한국소비자단체협의회 2명, 국민건강보험공단 1명, 식품의약품안전청 1명, 건강보험심사평가원 2명 총 16명으로 구성됐다. 위원의 임기는 2년으로 2011년 3월 14일부터 2013년 3월 13일까지이다.
3기 위원회는 건강보험 재정악화에 따른 보험자 역할 강화를 위해 국민건강보험공단 위원 1명을 포함하되 협상대상약제인 신약에 대해서는 의결권을 제한했으며 위원 추천단체 중 복수 추천을 하지 못한 단체에 대해서는 추가로 위원 추천을 받는다.
약제급여평가위원회는 약제에 대한 요양급여대상 여부 및 상한금액의 결정과 조정 등에 대해 공정하고 전문적으로 평가하기 위해 의학, 임상약학, 경제성 평가 등 관련분야별로 전문가 추천을 받아서 구성하고 있다.
한편 제3기 약제급여평가위원회 위원 구성에 따른 위원회 역할과 요양급여대상여부 등에 대한 평가기준 및 절차업무 등에 대한 업무공유 등 원활한 위원회 운영을 위해 워크샵을 실시한 후 3월말에 첫 회의를 개최할 예정이다.