FDA는 PPI 복용으로 인한 마그네슘 저하는 마그네슘 보충제로 보완하는 것이 일반적이지만 25% 정도가 보충제만으로는 혈중 마그네슘 농도를 향상시킬 수 없는 것으로 나타나 이 경우 PPI 복용을 중단해야 한다고 권고했다.
FDA가 경고를 내린 상품은 에소메프라졸 마그네슘， 덱스란소프란졸, 오메프라졸, 오메프라졸/탄산나트륨, 란소프라졸, 판토프라졸 나트륨, 라베프라졸 나트륨, 에소메프라졸 마그네슘과 나프록센 복합 약물이다. OTC인 프리록섹, 제게리드, 프레바시드 등도 포함됐다.
또한 FDA는 PPI 제제가 스텐트 시술 또는 경피적 관상동맥 중재술을 시행한 환자의 심장마비나 뇌졸중의 위험성을 높인다는 보고가 있었으며 PPI 사용이 클로스트리디움 디피실 관련 설사의 위험성을 높인다는 보고도 있었다고 밝혔다.
최근 FDA는 경고문을 통해 임상의들에게 장기간 PPI 복용이 필요하다고 진단되는 환자들의 경우 처방에 앞서 혈중 마그네슘 농도를 상승하는 것을 고려해 봐야 한다고 말했다. 저마그네슘혈증의 위험성은 마그네슘을 감소시킨다고 알려진 디곡신(digoxin)이나 이뇨제를 이미 복용하고 있는 환자들에게 높다.