의협은 이 법률안에 대해 군 의료인력 및 공공의료 인력 수급에 관한 잘못된 추계로 인해 한정된 예산을 불필요한 곳에 낭비할 수 있다고 지적했다.
특히 "이 법안의 발의 이유인 군의관 입대 자원이 부족하다는 근거는사실이 아니다"라고 강력히 주장하고 "국방부가 동 법안의 발의 당시 의학전문대학원의 비율을 75%로 예상하는 자의적인 예측을 했으나 현재 교과부의 의사 양성학제 개편에 따라 총 41개 의과대학중 5 곳만 의학전문대학원을 유지하거나 전환할 예정이며 이 학생 수의 비중은 전체 입학 정원의 7%에 불과하다"고 밝혔다.
또 "의학전문대학원생의 비율은 국방부 추계의 10%에 불과해 2020년에도 매년 1500명 이상의 의사 인력 공급이 가능하므로 이 법률안의 제정 취지 자체가 잘못된 인력 추계에 근거한 것"이라고 꼬집고 "공중보건의사 입대자원이 부족할 것이라는 이 법안의 발의 이유에 대해서도 사실이 아니다"라고 주장했다.
의협은 "현실에 대한 실태 조사 없이 공보의 추가 양성은 의료공급체계의 왜곡과 의료자원의 불필요한 낭비로 이어질 것"이라고 비판하고 "군 의료체계 전반에 대한 개선이 아닌 국군수도병원의 현대화 및 대학병원 형태로의 군 의료체제 전환 등 국군수도 병원의 처우 개선보다는 군 의무대 시설 개선 등을 통한 군 일차의료 환경 개선이 시급하다"고 강조했다.