양 기관은 협약서를 통해 서로의 기능·업무 영역이 중복되거나 침해되지 않는 범위 내에서 각 기관의 기능·업무 수행에 필요한 정보 및 연구물의 교류, 연구과정에서의 협력 등에 대한 원칙을 정했다.
특히 이번 업무협약 체결을 통해 한국보건의료연구원은 의약품 및 의료기술 등에 관한 연구 및 관련 근거 마련 등에서 건보공단이 보유하고 있는 건강보험자료를 활용할 수 있는 기반을 마련했으며 건보공단은 보건의료연구원의 연구결과를 활용, 건강보험 급여 타당성 결정의 신뢰성을 높일 수 있게 됐다.