의협은 "신종플루 등으로 국민건강이 크게 위협받고 있는 상황이고 방역사업, 예방 등 보건소 본연의 기능과 역할이 중요시되고 있는데도 전체 보건소 251개 중 129개소가 의료의 전문성이 떨어지는 비의사 보건소장(52%)이 맡고 있어 보건소로서의 역할을 다하지 못하고 있음은 물론 공중보건행태가 왜곡될 수 있다"고 우려했다.
또 "하루빨리 의사를 보건소장에 임용하도록 규정한 지역보건법령 입법취지에 맞게 비의사 보건소장 임용 근거 단서 조항을 삭제하고 전체 보건소장을 의사로 임용해 국민건강 증진과 보건소 본연의 업무에 충실을 기할 수 있도록 조치를 해야 한다"고 했다.
특히 "보건소가 신종플루 비상사태 와중에도 방역사업보다 일반진료를 수행하느라 방역 및 예방사업에 집중하지 못하는 등 보건소 방역체계에 심각한 허점이 있음이 여실히 드러난 데 대해 문제의 심각성이 있다"고 지적하고 "일반진료기능을 폐지하는 등 대대적인 보건소 기능 재편이 이뤄지도록 관련법령 개정해야 한다"고 강력히 촉구했다.