<쟁점> 선별목록제도 하에서 비용효과 분석과 가격협상의 대상은 주로 신약이기 때문에 국내제약회사에 비하여 외국제약회사를 차별하려는 제도이다.
 <의견> 선별목록제도는 모든 제약회사에서 생산하는 신약에 동등하게 적용된다. 이 제도에서 경제성 평가 대상은 제네릭 의약품을 제외한 신물질 신약과 개량 신약이다. 다국적제약회사가 개발하는 신약은 환자 진료에 반드시 필요한 경우와 비용 효과적인 의약품일 가능성이 높아 등재에 문제가 되지 않을 것이므로 다국적 제약회사에만 특별한 불이익을 주지는 않을 것이다.

 <쟁점> 선별목록제도는 특정 지역의 일부 대상자로 국한하여 시범사업을 실시한 후 그 결과에 따라 점진적으로 시행되어야 한다.
 <의견> 선별목록제도는 이미 많은 나라에서 시행한 제도로 그 효과가 분명하다. 이에 대한 절차와 방법 또한 일반 국민들보다는 의약품 분야에 정통한 전문가 집단이 참여하기 때문에 혼란과 실수 등의 문제가 심각할 정도로 발생하지는 않을 것이다. 따라서 별도의 시범사업을 실시하여야 할 당위성은 희박하다.

 <쟁점> 선별목록제도가 시행되면 약국은 재고약품정리와 반품문제가 발생되며 제약회사는 반품으로 인한 비용부담이 증가될 것이다.
 <의견> 선별목록제도 실시로 어느 날 갑자기 의약품 수를 대폭 줄이지는 않을 것이다. 특히 재고약이 우려되는 제네릭 의약품 등에 대하여 2011년까지 점진적으로 정리하는 방안을 정부가 발표한 바 있다. 즉 정리에 필요한 기간이 주어질 것이다.

 <쟁점> 의약품을 선별목록에 포함시키기 위한 치열한 로비와 선별목록에서 제외된 의약품의 판촉을 위한 새로운 부조리 발생이 우려된다.
 <의견> 급여목록에 등재되는 절차에서 신약은 객관적 자료에 의한 경제성 평가와 가격협상을 거치고 제네릭의약품은 오리지날 의약품과 일정 비율로 가격이 결정되므로 별도 로비가 필요하지 않다. 또한 선별목록에서 제외된 의약품은 보험급여권 내에서 처방이 발생되지 않아 오히려 부조리 발생을 예방할 수 있다.

 <쟁점> 혁신적 신약을 생산하는 다국적제약회사들에 비해 제네릭의약품을 주로 생산하는 국내 제약업체는 공단과의 협상에서 열세에 몰릴 가능성이 높다.
 <의견> 가격협상은 다국적제약회사와 국내제약회사 구분없이 동일한 절차, 기준, 방법 등을 적용하기 때문에 문제가 되지 않는다.

 <쟁점> 경제성평가 데이터가 풍부한 다국적기업이 상대적으로 국내기업에 비해 유리해서 양극화가 심화된다. 특히 제네릭의약품 중심의 국내 중소제약회사는 구조조정의 위기에 직면하게 될 것이다.
 <의견> 경제성평가는 신약이 주 대상이며 제네릭의약품 경제성평가는 필요시 성분별로 시행될 것이고 시행의 주체는 정부 등 보험관리자가 될 것이기 때문에 국내사의 경제성평가 자료 부재로 인한 양극화는 막연한 우려일 뿐이다. 단 국내사가 신약을 개발한 경우는 당연히 외국제약회사와 마찬가지로 경제성평가 자료를 제출하여야 할 것이다.
 <쟁점> 약사가 선별목록에서 제외된 의약품 조제 시 환자와의 마찰 가능성이 높다.

 <의견> 약사가 선별목록에서 제외된 의약품을 조제하여야 할 경우는 매우 적을 것이다. 의사가 그런 의약품을 처방하기 위해서는 타당한 이유가 있어야 하고 타당한 이유가 있는 의약품은 선별목록에 포함될 것이기 때문이다(필수의약품은 대부분 급여목록에 포함되며 누락된 경우에는 직권등재 및 조정신청에 의하여 급여에 포함시킴).

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