이 때 건보공단은 심사결정내역에 따라 수진자 자격점검과 소득세 원천징수, 압류금 공제 등의 과정을 거친 후 국민건강보험법 제43조(요양급여비용의 청구와 지급 등) 제3조에 의해 요양기관에 요양급여비용을 지급하고 이의 내역을 통보한다.
진료비 지급은 심사 차수별로 건보공단과 지급 위탁계약이 체결된 금융기관을 통해 펌뱅킹시스템으로 요양기관에 지급되고 있으며 현금 급여비는 수급권자로부터 지급 청구를 받아 관련 사실을 확인 후 지급하고 있다. 기타 자세한 문의는 건보공단 급여관리실(전화 3270-9623번)로 하면 된다.